Гора Железная расположена на территории государственного природного заказника «Бештаугорский». На её территории находится около 20 минеральных источников. Кроме того, здесь также растут 15 видов растений, занесённых в Красную книгу региона. Обитают и 11 видов животных, находящихся под особой охраной: жук-носорог, красивая бронзовка, красотел пахучий и многие другие.
Охранная зона установлена на южной части горы.
Ранее глава Ставрополья Владимир Владимиров поручил минприроды края разобраться с проблемой сухостоя на горах Машук и Бештау.